在今天的中小学和大学课堂里，科学知识基本是以非线性的方式来安排的。教科书尽可能以简明扼要且便于门外汉理解的文字或公式来表述关键思想，很少涉及促成这些科学发现漫长又曲折的发展历程。
作为一种教学方法，这样做不无道理，但是却无法回答中世纪那个处处关联、隐喻宗教意义的神圣世界是如何被彻底瓦解，具有宽广视野和多面经验的传教士群体被专业化、充满技术理性的科学家所取代。
一个难以回避的历史事实是，所谓“自然科学”曾经不过是神学的一个分支。或者说，宗教信仰才是驱使16、17世纪的学者们在经验层面去探求自然原理与宇宙规律。甚至于机械论的出现，也应该从新教伦理的背景下加以理解。
否则，我们无法解释为什么开普勒和波意耳始终坚持认识自然就是认识上帝；为什么牛顿会热衷于歌颂上帝，并且相信摩西等古代哲人早就知道万有引力定律；为什么第谷在天堡里同时进行星象观测和炼金术实验的工作。
更重要的是，我们要明白，古人也曾试图理解、建构一个内在关联的物质世界并利用自然的力量。他们将观察或叙述的事例归纳成一般原则，然后演绎出其推论和应用。大学教授们的“科学”，未尝不是当年传教士的“魔法”。
《新约圣经》的形成和东西方教会的分裂
公元前334年，亚历山大大帝率领马其顿军队击败波斯阿契美尼德王朝大流士三世，东地中海地区的各民族终于打破单一民族的政治隔绝状态，开始跨越传统界限，杂居交往，古希腊语也成为当时流行语言。
不过，待公元前323年亚历山大大帝病逝，由他缔造的大帝国迅即分裂。此后百余年间，埃及托勒密王朝与伊朗塞琉古王朝为扩张领土，争夺霸权，先后进行了五次“叙利亚战争”。小亚细亚无数弱小民族夹在两大国之间备受蹂躏，苟延残喘地维持中立。
或为躲避战祸，或为谋求生计，一些犹太人逐渐分散到地中海沿岸的亚历山大里亚城、克里特岛、塞浦路斯王国、爱琴海诸邦、埃及和北非各国。尽管他们的社会地位大不相同，但都努力保持自己的民族传统，陆续将战火中残存的零碎书籍收集起来编辑整理。
这些书籍内容广泛，有教义、律法、戒条、历史书、编年记、先知书等，也有民间传统史诗、小说、传奇、民歌等。在一神观念的主导下，这些断简残篇被系统性加工装订成册，公布于众，作为人们宗教崇拜和立身处世的准则，即《希伯来圣经》（Canon）。
然而，在古希腊文化的强势影响下，许多犹太人终究被同化。当犹太人中间的知识分子用古希腊语或拉丁语版本的《希伯来圣经》教育后代，古希腊罗马哲学便自然渗入犹太教神学体系之中。至少，犹太教的“智慧文学”和后来保罗书信中都有斯多葛学派的明显烙印。
早期基督徒主要就是这些犹太人，他们承认犹太教的全部教义，也没有属于自己教派的统一经典。各基督教社团同样依附于犹太教组织举行祭祀活动，只是除了诵读犹太教《圣经》外，往往还宣讲耶稣的生平事迹，即“口头福音”。
随着基督教社团的扩张和第一代使徒相继去世，基督徒们越来越感到应该用文字记录下耶稣教会的必要，并以此为根据进一步阐发原来犹太教经典中的先知预言及其启示意义。于是，一批称作《福音书》的作品问世。
这些作品在当时虽然内容并不统一，细节上也存在着矛盾，有些论文、讲章甚至在传抄中不免添加和遗漏，但正是在这个流传、鉴别和校验过程中，打破犹太教狭隘民族观念的《新约圣经》逐步产生。
随着基督徒社团的继续壮大，“外邦”基督徒逐渐在社团中占据多数。他们的政治态度在很大程度冲淡了原来犹太人对罗马政府的敌对情绪，公元116-117年犹太民族起义时，一部分基督徒拒绝参加战斗，袖手旁观。
这次作壁上观表明基督教已然脱离犹太教独立，自成体系。只是和犹太教信徒一样，基督徒们也自认为是上帝的真正选民，是一个与众不同的新族类。他们严守律法，过着禁欲式清苦生活，反对骄奢淫逸，虽然服从罗马的统治，但不是罗马公民，而是天国的国民。
当黑死病浪潮来袭，基督徒们广行善事，频频施舍周济贫苦孤寡，给与老弱妇孺精神抚慰。有些教徒为了能够获得善功，甚至不惜自卖为奴隶。罗马帝国统治者对基督教的态度，也从当初的无差别迫害和有意敌视转变为宽容和支持。
3世纪前后，基督教在小亚细亚、两河流域、阿拉伯半岛和北非取得了很大成功，并在安提阿、亚历山大里亚、君士坦丁堡、耶路撒冷等传教中心相继建立了四个大主教辖区（牧首区），以后又陆续成立了若干个独立教会。
相应地，东、西方教会之间的分歧也越来越大。东部教会修道之风比西部盛行，在论证一些神学观点时往往带有某些玄幻色彩，强调神迹、个人与上帝的交通，故而一般不大关心现世问题。
相比之下，西部教会更加注重律法，并由此发展“原罪”、“救赎”等教义。而且由于蛮族频繁入侵，西罗马帝国灭亡后罗马主教便具有很大的世俗权力，以至于到最后与世俗君主分庭抗礼，并自尊为“上帝众仆之仆”。
5世纪中叶，罗马主教利奥一世拒不接受公元451年卡尔西顿大公会议关于君士坦丁堡主教与罗马主教在教务上具有同等地位的决议，并提出“彼得优越论”来论证罗马主教是普世教会的当然领袖。
到了公元726年，东罗马帝国皇帝利奥三世发动圣像破坏运动时，罗马主教坚决反对，并进而支持皇帝的敌人。为此，皇帝剥夺了罗马主教对意大利南部和西西里岛的管辖权，导致罗马主教与东方彻底决裂，转而寻求法兰克人的支持。
终于在1054年，东西方教会彻底决裂，导火索就是一小块酵母饼。东部教会标榜自己的正统性自称“正教”（Orthodoxia），又称“东正教”；西部教会强调自己的普世性，自称“公教”（Catholicity），汉语又译做“罗马天主教”。
值得一提的是，天主教和东正教之间的冲突并非单纯缘于世俗权力斗争，还涉及伦理道德等神学观点分歧。在最根本的圣三一问题上，东正教强调圣灵仅由圣父衍生，世界只有一个本原；而天主教则遵循奥古斯丁的理论，认为圣灵是自圣父和圣子出来。
基督教关心如何使人的“本罪”得以赦免，因此，当时天主教神学家们的第一要务便是针对圣三一问题；律法与救恩、信心与行为之间的关系；礼仪的意义和作用等具体问题发表看法，批判各种“异端”思想，解决教会内部的纷争。
阿伯拉和安瑟尔的唯实论神学思想
《论三位一体》（De Trinitate）是基督教神学家圣奥古斯丁的重要著作之一，全书共15卷，其中前七卷从《圣经》出发，结合柏拉图主义的哲学思想，详细论证了上帝自身的三位一体存在，强调圣父、圣子、圣灵虽然是位格不同，但在本质上同一实体，不可分割。
如此一来，基督教神学便与古希腊哲学联系在一起，从而导致了日后唯名论与唯实论之间的争论。前者认为，不存在所谓一般实体，共相只是一个名称或词谓，不能离开具体事物而独立存在；后者则主张一般实体真实存在，并派生出具体事物。
对此，法国神学家阿伯拉（Pierre Abélard）的理论是不否认一般性的存在，毕竟个别事物的相似性就是共相的客观基础，但这种相似性只是事物的某种状态，并不是独立存在的另一种事物。所以客观上只有个别事物，没有一般实体。共相只是人们心中的概念，人们可以把它抽象出来单独思考，遗憾的是不能在现实中单独存在。
在“三位一体”的问题上，阿伯拉反对把圣父理解为“太一”或善，他认为圣子是逻各斯或上帝心灵中的理念，圣灵是世界灵魂，三位各有不同的属性，分别为权力、智慧和上帝良好的意愿。
在原罪问题上，阿伯拉主张道德主体是个人，而不是抽象的人类。个人行为的动机决定个人是否道德，善恶在于人的本性而不在于行为。罪是个人的、内心的，救赎也是针对个人内心的。他认为人称义不在于行律法，而在于自己有了爱心。
意大利神学家安瑟伦（Anselmus）就上述问题的回答与阿伯拉立场相同，但却采取截然不同的理论进路。安瑟伦认为一般是独立于个别之外的独立实在，也就是说，普遍概念先于单个事物，而个别只是作为一般的结果而存在。
因为上帝的存在是基督教信仰的基础，对这一信念的任何怀疑和动摇都会导致基督教神学体系的瓦解。而同当时许多经院哲学家一样，安瑟伦也认为上帝的存在是可以通过逻辑论证加以证明。
安瑟伦依据唯实论观点，认为越是一般的东西就越具有实在性，上帝的观念是最一般的，所以上帝是最高的实在。当人们思考上帝时，是把他作为无限完满的存在来思考的，不能设想有比他更完满的实体，也不能设想完满的上帝会不完满（缺少“存在”这一属性）。
值得注意的是，阿伯拉也好，安瑟尔也罢，他们在维护上帝地位的时候，皆颇具新柏拉图主义色彩，或深受柏拉图理念论影响。圣奥古斯丁在讨论人类心智结构时，将人作为上帝形象的体现，这一观念本身亦与阿伯拉和安瑟尔逻辑相似。
似乎在他们的整个理论图像中心处存在不可直接接触的原型世界（mundus archetypus），即上帝的心灵，它不仅创造了世间万物，而且包含着宇宙中一切可能事物的模型或原型，愈待具象或具身。
众所周知，古希腊罗马哲学一直以追寻宇宙万物的本源、探究事物的本质作为兴趣的焦点。他们认为这种智慧也是宇宙的法则和普遍规律，称之为“逻各斯”，同时对于变动不居的感性世界和感官享受在不同程度上皆持否定态度。
而在柏拉图、亚里士多德这些古希腊哲学家眼中，真正意义上的宇宙（cosmos）是一个秩序井然、恰当安排的整体。在他们眼中，物理宇宙的各个组成部分彼此密切交织在一起，并且与人和神紧密相关。
对他们而言，研究客观的物质世界不仅意味着揭示其内容事实并加以分类，而且需要揭示其隐秘设计和无声的寓意，因为万事万物都在一个连续的层次结构中拥有特殊的位置。其顶端是太一，完全超越的永恒的神。“太一”流溢出创造性力量，使其他一切事物得以产生。
有趣的是，这种力量越是从其来源流溢出来，它所创造的东西就越低和越不像太一。其底部是惰性的、毫无生气的质料。其间的等级按升序排列依次是植物和动物的生命，然后是人类，然后是精神性的存在，如精灵（daimons）和较小的神。
新柏拉图主义者的目标，仿佛就是爬上阶梯，变得更具精神性和较少物质性，将人的灵魂——我们最崇高的部分——从堕入物质所导致的盲目性中摆脱出来，经由精神性存在的层次朝着“太一”上升。
罗马晚期哲学之所以能够丝滑地被基督教神学取代，一如公元五世纪柏拉图主义者伪狄奥尼修斯所指出的那样：基督教神学家只是用不同等级的“天使”取代异教徒们的小精灵，用基督教的上帝取代太一。
新柏拉图主义者的这种看法与现代科学家形成了鲜明的对比，日益专业化使现代科学家只关注那些狭窄的研究主题和孤立的对象，其方法强调切割而不是综合，其态度主动排除了意义和目的问题。
现代科学研究方法成功地揭示了关于物理世界的大量知识，但也造就了一个脱节的、支离破碎的世界，使人类感到疏离和孤立于宇宙。几乎所有近代早期自然哲学家都持有一种更为广泛和无所不包的世界观，他们的动机、问题和做法正是源于这种视野。
中世纪或科学革命时期的自然哲学家和现代科学家一样研究自然界，但这种研究是在包括神学和形而上学在内的更广泛的视野中进行的。神、人、自然这三个组成部分从未彼此隔绝，“科学家”一词正是在此时期被创造出来。
文艺复兴、新航路开辟和活字印刷术
“意大利文艺复兴”一词常使我们想起桑德罗·波提切利、皮耶罗·德拉·弗朗切斯卡、列奥纳多·达·芬奇、安吉利科等名人完成的艺术和建筑杰作。不过，文艺复兴远不只是美术的繁荣，科学、神学领域也得到了蓬勃发展。
事实上，文艺复兴时期的多位教皇（如尼古拉五世、西克斯图斯四世和庇护二世）及其红衣主教都是热情的人文主义者，鼓励、支持着自然科学事业。当时神学研究与科学研究并不截然分离，物理世界意味着上帝的创造物。
13世纪教会特权的增多，使天主教神职人员内部发生分化。高级僧侣穷奢极欲，卖官鬻爵，私生活堕落。他们通过出售赎罪券、圣像、圣徒遗物等手段来搜刮民财；利用开除教籍、绝罚等手段，来威胁、镇压敢于反抗的人民；甚至一度操纵教皇废立。
而一些低级教士则出身低贱，收入微薄，过着清贫生活，普遍把禁欲主义当作理想。他们虽然表面上反对教会的胡作为非，但其实许多人都是真正关心教会前途，试图挽救天主教威仪的虔诚信徒。
有的“科学家”出于某些世俗因素，固然会公开批评教会腐败恶习，以及某类滥用特权的行为，但他们决不会反对罗马教会的教义、圣事和教会组织及体制，并坦然接受教皇提供的俸禄，扮演着“小骂大帮忙”的角色。
随着时间推移，一部分低级教士很快便被罗马教廷纳入隐修院的轨道中，但另一部分人则选择继续坚持游行布道，反对修道士和神职人员敛财，并进而否定罗马教会制定的一些教会法规，甚至教义。
受限于早期天主教会对异端的惩罚并没有统一、明确的规定，为了与这些“清教徒”争夺群众，罗马教会组织了两个修道团体——方济各会和多明我会，以标榜赤贫、热心布道的姿态维护正统教义。
1220年，或许是认为地方主教镇压异端不力，或许是自感方济各会和多明我会成效不彰，教皇洪诺留三世建立“宗教法庭”，并设有监狱。1223年，教皇格列高利九世再度发布通谕，重申上述措施，并规定地方主教应全力协助。
于是，臭名昭著的宗教裁判所在各个天主教会辖区的修道院内陆续成立，它直属教皇，审判长一般由教皇从多明我会中直接选派任命。审讯全程秘密进行，更有一套极为严酷、轻率的典章条例：
只需两人作证，控告便能成立；证人如撤回证词，按同谋论处；拒不认罪的，可刑讯逼供；被告有检举同案犯的义务，第三方有揭发嫌疑犯的义务；为异端辩护者要受罚；被判为异端者，没收其全部财产（妻子嫁妆除外），情节恶劣的公开施以火刑。
讽刺的是，恰恰是听命于罗马教廷的方济各会和多明我会修士在神学层面真正意义上动摇了教皇及其主教的权威。他们作为开辟新航路的随行牧师为欧洲带回来无数实在无法将其纳入古典分类方案的动植物。
要知道，按中世纪天主教教义，各物种的自然主义细节描述并非孤立呈现，往往皆有其典故，与大量圣经和神话学隐喻含义混杂在一起，承载着丰富的宗教意义。例如孔雀象征着傲慢，蛇代表堕落和欺骗，车前草意味着正道沧桑。
来自新大陆的马铃薯、玉米、西红柿等农作物，防已、古柯叶、金鸡纳树等草药，以及负鼠、美洲虎、犰狳等新发现的动物，大大扩展了欧洲人知晓的动植物种类。这些新物种没有对应任何传说，几乎无法妥善纳入到以往本草志和动物寓言集中。
在这种情况下，那些应教皇和国王嘱托的南美洲传教士不得不放弃传统普林尼式百科全书方法编写风物通志和医药学著作，以应对持续涌入的新信息。随之而来的，是解剖学的突飞猛进和呼之欲出的机械论哲学。
当然，很少有机械论者会严格到否认生命系统中存在着赋予活力的灵魂。但这种灵魂开始并不必然类似于基督教神学所说的那个非物质的、不朽的人的灵魂，而是被认为以各种形式或层次存在于各种实体中。
更重要的是，关于新世界的消息是在印刷术的帮助下迅速传开的。对于手写版的书籍而言，插图是一个大问题。誊抄者的绘制技术和临摹水平，以及他个人对文本理解很大程度上决定了知识传播的准确与否。
当一些出版商为了节省成本径直忽略了困难、复杂的图案，每一次复制都意味着质量的下降。相比之下，印刷则意味着作者能够监督生产原版的木刻或雕刻，然后便可以轻松可靠地生产完全相同的副本。
印刷术的出现，令欧洲学者可以放心、大胆地全身心绘制动植物素描及其标本解剖图、地图或航海图、几何草稿和代数公式，以及工程零部件、统计表，并将其安排进文本中间演示，佐证自身观点。
15世纪中叶，印刷术进一步革新，第一部用活铅字排印的拉丁文《四十二行圣经》在德意志人谷腾堡的工厂问世。到1500年，已有三四万种图书被印制出来，总数约有1000万册之多，书籍变得越来越便宜。
活铅字印刷术的应用，虽然直接促进了《圣经》的普及，但同时又使相互攻讦的时事评论以小册子这种纸质媒介得以更快交流，从而打破了教会对《圣经》的垄断，动摇了教皇的绝对权威。天主教内部，即将迎来一波深刻且伴随着暴力的分裂。
宗教改革运动和哥白尼日心说理论
1503年，由尼德兰著名人文主义者伊拉斯谟撰写的《基督战士手册》一书出版，其中强调信徒个人内心的信仰，反对崇拜圣物和圣徒，顺便抨击罗马教廷的伪善，揭露天主教神职人员的腐化。
实际上，早在14世纪，已经有多明我会修士强调信徒个人的宗教经验，认为信徒可以直接与上帝“交通”，不用神职人员作中介。他们反对教会繁琐的崇拜仪式，不承认教会对信徒有惩戒和赦罪的职能，只是缘于其体制内身份而被一概斥之为神秘主义者。
1516年，伊拉斯谟编印了第一本希腊文活字版《圣经·新约全书》，并作了注释，深受信徒欢迎。于是，欧洲各国翻译和出版《圣经》之风大盛。相应地，越来越多底层平民出身的信徒愈发怀疑古典经院哲学家和教廷作出的种种隐喻性领读。
严格来说，罗马教廷虽然没有绝对禁止平信徒阅读《圣经》，只是各地方教会为垄断对《圣经》的话语权而对读经及讲经都作了种种限制，即仅强调教父、公会议、教皇和正统神学博士对《圣经》的解释。
次年奥古斯丁学会的成员马丁·路德在维滕贝格大学城提出《九十五条论纲》，以经院论辩命题的格式集中批判了当地出售赎罪券的不当做法。这位教授宣称，人之所以得到拯救在于内心的虔诚与谦卑，而不是靠多做“善功”。
对于罗马教廷而言，路德的这一观点并不是什么石破天惊的高论，也没有多少耸人听闻的内容。因为关于仪式和教义问题的学术争执在当时相当常见，支持路德的学者和传教士们也大多非常温和，并不具有激进的革命性。
然而，由于德意志世俗贵族与罗马教廷之间展开的权力斗争，叠加那几年自然灾害频发，以及地方民族主义影响下，这场风波还是超出了一般学术讨论的界限，迅速演变成一场远远超出马丁·路德个人能够控制的的社会政治运动。
到16世纪20年代初，“重新发现《圣经》”已经是全欧洲的共识。无数德国农民以《新约·启示录》中关于千年王国的说法为根据武装起义，他们抱着在现世实现公平社会的狂热，主张财产公有，宣称基督将再次降临，毁灭所有的封建诸侯和教会僧侣。
既然判断真理的惟一标准只能是《圣经》本身，那么任何人或组织都没有理由独家垄断《圣经》的解释。就这样，一次地方性的抗议（protestation）出乎预料地发展成了新教（Protestantism）。
在风起云涌的宗教改革运动冲击下，罗马教廷内部一些有识之士痛感如不改变腐败作风，可能导致整个天主教会的毁灭。教皇本人面对日益强大的新教势力也逐渐认识到，如果罗马教会不进行内部整顿，将会失去更多的特权与人心。
1534年，教皇保罗三世责成3名枢机主教起草教会道德改革计划；1536年，召开高层僧侣闭门会议列举教会现有的种种弊端；1545年召开特伦托大会集中纪律监督；1558年，教皇保罗四世采用强制“净化”手段，下诏禁止卖官鬻爵。
与此同时，为了使信徒明白什么是“真正的基督教”，圣依纳爵·罗耀拉在教皇的授权下于1540年建立耶稣会。该团体基于一种新颖的教学和课程风格，坚持亚里士多德方法，强调数学和科学的重要性。
耶稣会士沿着新开辟的大西洋、东印度贸易路线前往世界各地，再把一切都带回罗马，无论是动植物标本、天文观测数据，还是关于当地风俗民情的汇报。当时欧洲很多先进、前卫的科学思想往往都是在耶稣会学校最先讲授，一如其座右铭：“在万事万物中找到神。”
对于近代早期的欧洲人而言，部分基督教教义并非可供参考的意见，而是客观自然事实。神学从未降格为“个人信念”，至少在十六、十七世纪，没有一个“科学家”奋力摆脱宗教人士的文字狱压迫和思想审查。
宗教与科学之间的阵营划分根本就不存在，相反，每一个自然科学研究者本人都笃信宗教，许多神职人员也是自然研究者。在他们看来，和《圣经》一样，我们周围的世界也是需要进行解读的神圣讯息。只有敏锐的“读者”通过经验研究，才可以更深层次地了解造物主。
这种深植于正统基督教之中的想法，意味着科学研究本身就可以是一种宗教行为。例如，罗伯特·玻意耳就认为他的科学研究是一种宗教献身（因此特别适合在周日进行），自然哲学家可以通过沉思上帝的创造而增进对上帝的认识和察觉。
像布鲁诺因坚持科学真理而被教廷烧死的故事，充其量是过度简化或夸张，更有毫无根据地捏造。因为布鲁诺本人和其他天主教僧侣同样凝望着一个富于神学目的和意义，饱含灵异、奇迹和上帝许诺的世界。
1533年，教皇的私人秘书维德曼施泰特向克雷芒七世和一些红衣主教讲述了哥白尼日心说体系，他们听后甚为高兴，卡普亚的红衣主教舍恩贝格甚至开心写信给哥白尼催促他尽快发表研究成果。
十年后，《天体运行论》终于问世。如此拖延不是缘于哥白尼担心教会是在“引蛇出洞”，也跟宗教裁判所的言论控制没多大关系，而单纯是哥白尼需要更加精确地确定太阳年的长度，以便于彻底改变罗马时代的旧儒略历。
有趣的是，当时的人虽然欣赏哥白尼这套精妙、自洽的天文学体系，但同时又并不相信其真实性。由于天文观测数据的缺失，直到16世纪末，坚定的哥白尼主义者可能不过十几人。至于太阳和地球究竟谁绕着谁转，对教廷来说根本无关紧要。
尽管对于16世纪的天文学理论而言，只要能正确地计算出行星在某一时刻处于哪个位置，然后给出星表就够了。但数学模型与物理体系之间的张力，注定了对天界隐秘结构的逐步揭示将是17世纪科学革命的唯一关键叙事。
开普勒、笛卡尔和牛顿的天文研究
16世纪90年代，约翰尼斯·开普勒在格拉茨的一所高中教书时，苦苦思索着现代科学家根本不会去问，且看起来颇为无厘头的一个问题。那就是在哥白尼体系中，为什么围绕太阳运转的行星只有六颗，而不是围绕地球运转的七颗。
开普勒的纠结在于，假如有七颗行星，那么它们就能与一周的七天、七种已知金属、音阶的七个音，以及世界上所有其他重要的“七”很好地相合，构成一种美妙的和谐。很明显，开普勒及其同时代人是在以《圣经》为线索，验证客观物质世界。
而开普勒之所以确信哥白尼理论，很大程度上也是因为日心说为三位一体提供了物理上的对应：位于中心的太阳象征圣父，接收和反射太阳光的恒星天球象征圣子，两者之间充满光的空间则象征圣灵（在神学上代表圣父和圣子之间的爱）。
上帝之手赐福于世界，伸出的三根手指旁标着“数、重量、量度”（《智慧书》11:20），象征着造物的数学秩序。所以人们有义务在“自然之书”中解读出各色讯息的神学动机，而这才是整个近代早期的科学研究的最大驱动力。
同时期的理性主义哲学家笛卡尔正在设想整个空间都被一种不可见的物质微粒填满，这些微粒一刻不停地在环流或涡旋中运动着。我们的太阳系就是一个由这些微粒构成的巨大涡旋，像水中漩涡带着稻草一样裹挟着行星旋转。
这种涡旋模型简洁地解释了为什么行星都沿同一方向且几乎在同一平面上运行。地球本身处于一个较小涡旋的中心，该涡旋带着月球在轨道上运行，地球周围的物质漩涡形成一股“风”将物体推向地心，也就解释了重力现象。
笛卡尔的这种设想始于留基伯、德谟克利特和伊壁鸠鲁等古希腊哲学家发明的原子论。他们主张，物质世界由不可分割的原子构成。原子在虚空中不断分散和聚集，其千变万化的组合导致了我们看到的所有变化。
以新柏拉图主义、斯多葛学派和原始犹太信仰为滥觞的基督教强势崛起后，原子论随即湮没于历史长河之中。直到罗马人卢克莱修普及伊壁鸠鲁思想的长诗《物性论》于1417年被重新发现，原子论才得以复兴。
17世纪60年代初在剑桥读书时的牛顿曾充分接受笛卡尔对行星运动和重力的解释，但到了17世纪80年代，牛顿的想法开始转变。他抛弃了笛卡尔的涡旋，开始构想太阳与行星之间存在着一种吸引力。
值得注意的，是牛顿寻求答案的方法提醒我们，他并不是一位偶然生在17世纪的“现代科学家”。牛顿主张，自然哲学现阶段的第一要务，是恢复古代智慧（prisca sapientia）关于整个宇宙体系的知识，包括作为造物主和永恒动因的上帝。
牛顿信奉神在太古时期揭示了一种“原初智慧”，之后随时间而逐渐败坏。他试图阐释希腊神话、《圣经》段落和赫尔墨斯著作，以表明其中蕴藏着关于世界隐秘结构的思想，其中包括平方反比引力定律。
开普勒“磁力说”也好，笛卡尔的漩涡论也罢，亦或是牛顿的惯性与万有引力原理，其本质上都是试图消除以往关于地球物理学与“月上世界”之间的区别，让苹果下落与行星运转服从同一定律，以便揭示上帝的几何设计。
对于启蒙思想家来说，牛顿的成功一点都不令人欢欣鼓舞。万有引力原理似乎使一种沉寂了近一个世纪的陈旧观念死灰复燃，即一种不可见、非物质的力可以在一切物体之间发生作用而没有任何机制或明显原因。
这不仅比笛卡尔涡旋更难以理解，而且在许多人看来是又回到了亚里士多德主义者所说的“隐秘性质”或自然魔法中的共感。莱布尼茨指责牛顿混淆科学、哲学和神学的边界，躲进了“古老的无知避难所”，是在“开倒车”。
牛顿让上帝不再是一个几何学家、化学家或建筑师，而是越来越被看成一位水平高超的机械师或钟表匠，一个对世界机器进行设计和组装的技师。如此一来，自然科学事业要想继续，只能全面投向机械论与实证主义。
简单来说，就是重新回到笛卡尔道路上去，将所有可感的性质和现象都源于不可见的物质微粒（有时也被称为原子、微粒，或径直称为粒子）的大小、形状和运动。作为一位科学家，关键是要避免过早提出假设或是去建立宏大叙事，聚焦于操作性，而非思辨性。
因此，所谓的“现代科学家”，某种角度都属于严格的机械论与实证主义者。他们坚持认为，万物都是由同一种“原料”构成的，我们所觉察到的各种物质和属性都是源于这种“原料”微粒的不同形状、大小和运动。
用科学哲学的话翻译一遍，就是一切客体皆为主体对象化的结果，唯一真实的性质——即第一性质——是微粒的大小、形状和流动性。所有其他性质都是第二性质，它们只存在于感知者中，而不存在于被感知者中。
“科学”和伪科学，或者说神学之间区别便成了：如果一套理论可证伪，并不直接证明它是错的。而是说，它意味着该理论能够作出一些可以用经验进行检验的特定预测。科学最重要的目的之一，依旧是试图解释我们周围世界中所发生的一切。
科学是否能解释一切，不是一个可知论或不可知论哲学问题，而是有着纯逻辑学上的原因。为了解释某件事，无论它是什么，我们需要援用其他的事情。但是为第二件事提供解释的是什么呢？这意味着指出有些事情永远不能被解释，但并没有告诉我们它们是什么。
余论
当今时代，“科学”一词已经获得了空前的威望。如果有人指责你行为“不科学”，几乎肯定是在批评你。科学的行为是明智、理性并且值得赞扬的；不科学的行为是愚蠢、非理性并且应该被鄙视。
全社会视科学家为专家，在重要的问题上请教他们，并且他们的绝大多数观点被毫无疑问地接受下来。当然，每一个人都意识到科学家有时也会犯错，可科学家还是被看成是与过去的宗教领袖一样：凡夫俗子无法获得的专门知识的拥有者。
“科学主义”很大程度上是一个带有负面含义的标签，因为科学主义者相信实验方法能够将理论直接和事实相比较，从而作出一个中立客观、毫无偏见的评价。因此，科学是一种理性活动，一条通向既存真理的最可靠的道路。
而科学主义的反对者们就此指出，不可通约性和观察数据的理论负荷注定了某一科学范式的不准确和幼稚图景。一种范式，无非是由科学共同体允许、肯定的一系列共享的假设、信念和价值观，一般能持续几十年，有时甚至是几个世纪。
在此期间，科学家们逐渐地阐释范式——恰当调整范式，充实细节，解答越来越多的困惑，扩大范式的适用范围，等等。但随着时间推移，总有些反常现象，即科学家们如何努力都无法与范式的理论假设相一致的现象。
当反常在数量上还很少的时候，它们容易被忽视。但当反常累积得越来越多时，一种逐渐增强的危机感就笼罩着科学共同体。对既存范式的信心瓦解了，常规科学的进程也暂时趋停，科学史也就被径直概括为被偶尔的科学革命和漫长常规科学时期
可见，科学并不总是以线性的方式无限趋近真理，科学主义者也只不过是在发明一种看似进步的“语境”。实验不是知识探索的唯一有效形式，科学更不是通往知识的独一无二的优先通道。
科学主义者将未被接受的每一种科学理论——无疑包括我们今天相信是对现象的正确解释的一些事物——都将被判定为非理性和迷信，而不单纯是在当时既定的观念、观点和信息条件下通过理性方式得出的错误想法。
回顾过去，许多近代早期的概念和发现，如哥白尼的日心说、牛顿的万有引力定律构成了现代人对物质世界理解的基础；其他想法，比如原子论观念，后续被大大更新和完善；而有些想法，比如笛卡尔的旋涡宇宙解释，则已经完全被抛弃。
尽管那时“科学家”们提出的问题和目标背后并不一定是符合我们的认知逻辑，但他们留给我们的几乎所有文本和人工制品都表明，他们在热情地探索、创造、保存、测量、收集、组织和学习，并且没有什么严格壁垒使科学、哲学和神学彼此隔绝。
现代科学很大程度上是在依旧按照近代早期神学家们的思维方式，继续探索那些具有相关性特征的现象，用技术奇迹联系“魔法世界”，哪怕有些事物的发生很有可能真的仅仅是偶然发生的巧合。
