某些传染病和寄生虫病（A00-B99）是特殊组合章，强调疾病的病因。
包括
一般认为有传染性或可传播的疾病
产科破伤风A34
新生儿破伤风 A33
新生儿百日咳 A37
先天性梅毒 A50
人类免疫缺陷病毒[HIV]病 B20-B24
不包括
临床未明确传染病或寄生虫病是慢性者， 假定分类为活动性或急性。
第五十四条 肠道传染病（A00-A09）
（一）细菌性、原虫性、病毒性和其他特指的传染性病原体所引起的腹泻和胃肠炎分类于 A00-A08；其他传染性和未特指病因的腹泻和胃肠炎分类于A09。
（二）非传染性病因的腹泻和胃肠炎编码于 K52.9。
（三）新生儿未指明病因的腹泻编码于A09.9，新生儿非感染性腹泻编码于 P78.3，幼儿非感染性腹泻编码于 K52.9。
（四）沙门菌肠炎治疗时出现的早期并发症（如脱水 E86）根据其他诊断选择原则，可作为其他编码填报；其发生在几周或几个月后的沙门菌关节炎（反应性关节炎），编码于 A02.2†M01.3*。
第五十五条 结核病（A15-A19）
（一）呼吸道结核临床应明确细菌学和组织学检查情况，编码根据细菌学和组织学检查结果及临床初治、复治以及耐药性等进行填报， 耐药性肺结核可附加编码U84.3(对抗结核病药物耐药)。
（二）粟粒性结核（A19）临床应明确急、慢性（含亚急性）， 未明确时假定分类为急性。急性粟粒性结核同时要区分单个部位（A19.0）或多个部位（A19.1）。
第五十六条 病毒性肝炎（B15-B19）临床应明确急慢性、病因及临床表现，未特指的病毒性肝炎（B19）一般情况下不作为填报诊断。丁肝即乙肝伴有δ因子，分类于乙型肝炎伴有δ因子。乙型肝炎病毒携带者编码于B18.1。
第五十七条 人类免疫缺陷病毒[HIV]病（B20-B24）不包括无症状的人类免疫缺陷病毒感染状态（Z21）及并发于妊娠、分娩和产褥期（O98.7）。
（一）人类免疫缺陷病毒[HIV]病造成的并发症分类于B20-B24， 不允许再分别编码。
（二）HIV 病多个并发症存在于 B20-B22 同一类目中多个亚目时，编码于该类目的.7 中；HIV 病多个并发症存在于 B20-B22 中多个类目时，编码于 B22.7。其他诊断可用 B20-B22 中的编码附加说明具体的并发症。
（三） HIV 病发生前已存在的疾病，不允许分类在 HIV 病
（B20-B24），应按原疾病所在章节编码。
（四）HIV 状态：接触和暴露于人类免疫缺陷病毒（HIV）编码于 Z20.6；HIV 确诊但无症状分类于 Z21；入院检查 HIV 抗体阳性， 但未经指定医疗机构确诊，分类于R75。
第五十八条 传染病和寄生虫病的后遗症（B90-B94）是类目A00-B89 中疾病的后遗症，一般情况下不能作为主要编码填报。
第五十九条 细菌、病毒和其他传染性病原体（B95-B98）不允许作为主要编码。当需要标明分类于他处疾病中的传染性病原体时，可以作为附加编码填报。
