急性肾盂肾炎常累及肾间质，有发生菌血症的危险，应选用在尿液及血液中均有较高浓度的抗菌药物。对于病情较轻的患者可通过口服给药，若患者病情较重则应首先通过静脉给药，待病情缓解后，可转为口服敏感抗菌药物治疗1~2周。其治疗原则是控制或预防全身脓毒症的发生，消灭侵入的致病菌及预防再发（表 1)。
在致病菌的特性和药敏试验结果尚不清楚的情况下，不推荐选用氨苄西林或第一代头孢菌素作为急性肾盂肾炎首选治疗药物，因为现已发现有超过60%的大肠埃希菌对它们耐药。在大肠埃希菌对氟喹诺酮类药物耐药率<10%的地区，推荐使用氟喹诺酮类药物作为一线治疗方案。如果用药后48~72小时仍未见效，则应根据药敏试验选用有效药物治疗。治疗后应追踪复查，如用药14日后仍有症状，则应根据药敏试验调整用药，再治疗6周。
目前推荐用于急性非复杂性肾盂肾炎的口服经验治疗的抗菌药物为氟喹诺酮类（环丙沙星500 mg，每日2次，连用7日；左氧氟沙星500 mg，每日1次，连用5日）和第二、三代头孢菌素类。
不建议使用如呋喃妥因、磷霉素等抗菌药物，因为目前尚无足够证据支持其用于治疗急性非复杂性肾盂肾炎的疗效。
对氟喹诺酮类过敏或已知耐药的情况下，如果病原体敏感，可使用复方磺胺甲噁唑（160/800 mg，每日2次，连用14日）或第二、三代头孢菌素类药物。
如无法获得病原体的药敏结果，建议初始静脉使用长效的抗菌药物，如头孢曲松等。
非复杂性肾盂肾炎患者采用静脉用抗菌药物进行治疗，可选用氟喹诺酮类，氨基糖苷类，第三、四代头孢菌素。仅在早期培养结果表明存在多重耐药菌的患者中考虑使用碳青霉烯类药物。药物的选择应考虑当地耐药情况，并根据药敏结果进行调整。对于出现尿脓毒血症的患者，有必要对超广谱β-内酰胺酶（ESBL）的病原体进行经验性抗菌药物覆盖。最初接受静脉用抗菌药物治疗的患者，在临床症状改善并且可以口服抗菌药物时应转为口服抗菌药物序贯治疗，疗程7~14天。
